En el año de 1530, arribó a esta región el conquistador Cristóbal de Oñate, acompañado de un grupo de franciscanos encabezados Juan Calero, también conocido por fray Juan de la Esperanza o del Espíritu Santo, quien fracasó en su propósito de evangelizar a los pueblos de la región debido a la rebeldía de los naturales, los cuales lo mataron entre Ameca y Etzatlán durante la Gran Rebelión el día 5 de julio de 1541. Finalmente el Virrey Antonio de Mendoza permaneció en Tequila hasta someterles destruyendo sus ídolos y combatiendo contra Diego Zacatecas, que encabezaba a los rebeldes.
Amatitán se inició con 15 familias aborígenes, 5 peninsulares, 2 religiosos y varios mexicas que hablaban diferentes lenguas y dependían de Tequila por cédula real de la nueva Galicia, dándole al poblado las siguientes medidas: del centro a los 4 puntos cardinales, 22 varas al oriente, 12 al poniente, 8 al norte y 22 al sur para dividir y asentar al pueblo.
La estadística de la Provincia de Guadalajara de 1823 ya menciona a Amatitán como ayuntamiento.

ATRACTIVOS CULTURALES Y TURÍSTICOS
Monumentos Históricos
Arquitectónicos
Templo de la Inmaculada Concepción, de estilo neoclásico con fachada de cantera, tiene pilastras estriadas y nichos de torres de dos cuerpos con cupulín de azulejo. En la entrada principal se encuentran las esculturas de los ángeles: San Gabriel, San Miguel y San Rafael. En su interior remozado destacan los retablos estilo neoclásico.
Capilla del Carmen, de estilo neoclásico construida en 1940.
Vergel y casa grande de la empresa “Tequila Herradura”, de estilo colonial construidos en 1870.
El pórtico del panteón también es un monumento cultural.
Escultura
En el pórtico del panteón municipal se encuentran tres esculturas que representan la fe, esperanza y caridad.
Pinturas
En la cúpula del Templo de la Inmaculada Concepción se ubican las pinturas que representan a los cuatro evangelistas: San Mateo, San Lucas, San Juan y San Marcos.
Fiestas, Danzas y Tradiciones
Artesanías
Se fabrican barriquitas pirograbadas para envasar tequila.
Trajes Típicos
Se tienen como trajes típicos el de charro en el hombre y vestido de china poblana en la mujer. Gastronomía
En los alimentos del lugar destacan la birria, el pozole blanco y enchiladas; en dulces son dignos de saborear el camote enmielado, garapiñado, las mermeladas, la calabaza curtida y la fruta de temporada en almíbar; y en bebidas, el famoso tequila.
Centros Turísticos
En varios puntos de la población se encuentran insignias de la “Santa Cruz”; en el costado este de la población hay una cruz de cantera de aproximadamente 2 metros de altura; al oeste se localiza otra cruz de 3 metros de altura, una más del mismo tamaño en las afueras del Templo de la Inmaculada Concepción; y una más que alcanza una altura aproximada de 11 metros y está ubicada en la cima del cerro de Amatitán.
Se cuenta con 12 edificios con fachada neoclásica e interior de estilo colonial.
También se cuenta con la existencia de paisajes naturales como los bosques localizados en los cerros de Amatitán y el de Tomacillo, cuyo estado de conservación es regular. Asimismo, se tienen las barrancas de Río Grande, Santiago, Tecuano y Achio, además de la Presa de Santa Rosa, cuyo estado de conservación es aceptable